پلی مرفیسم طولی ناحیه ʹ3 ژن clfA در نمونه های بالینی استافیلوکوکوس اورئوس جداسازی شده از سه بیمارستان شهر قم

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشگاه آزاد واحد بروجرد

2 عضو هیات علمی

3 گروه زیست شناسی، واحد بروجرد، دانشگاه آزاد اسلامی، بروجرد، ایران.

چکیده

مقدمه: استافیلوکوکوس اورئوس آنزیم، پروتئین و توکسینهای متعددی جهت حفظ بقاء، تجزیه پروتئینها، قندها، چربیها و اسیدهای نوکلئیک میزبان، مقاومت در برابر داروها، اتصال به سلولهای میزبان و افزایش بیماریزایی تولید می کند. از مهمترین عوامل بیماریزای سطحی این باکتری، فاکتور تجمع یا Clf A است. این پروتئین باعث اتصال باکتری به فیبرینوژن می شود. هدف مطالعه حاضر بررسی وجود تنوع در انتهایʹ3 ژن clf A می باشد.
مواد و روش کار: 100 نمونه بالینی جداسازی شده از 3 بیمارستان نکویی(هدایتی)، کامکار-عرب نیا و شهید بهشتی پس از تایید در آزمونهای میکربی، بیوشیمیایی و ملکولی 16s rRNA انتخاب شدند. از پرایمرهای اختصاصی جهت ارزیابی ناحیه متغیر ژن استفاده شد.
نتایج: 100 نمونه پس از آزمونهای مختلف برای بررسی ژن clf A انتخاب شدند. پس از PCR اختصاصی ژن مذکور، کلیه نمونه ها امپلیکونهایی با اندازه 1100 bp تولید کردند. امپلیکونها جهت مقایسه توالی ها با توالی استاندارد به شرکت مربوطه جهت توالی یابی ارسال شد.
نتیجه گیری: سایر محققان در نتیجه مطالعه با همین پرایمر امپلیکونهایی با اندازه های 900 تا 1000 bp گزارش کردند. این نخستین گزارش از پلی مرفیسم طولی دیگری در ناحیه ʹ3 ژن clf A می باشد. در این ناحیه تکرار 18 نوکلئوتیدی مینی ساتلایت گزارش شده که باعث خطا در همانندسازی بصورت Replication Slippage توسط DNAپلیمراز می شود و منجر به ایجاد نسخه جدیدی از این ژن و فراگیری آن در نمونه های شهرستان قم شده است. این مطالعه نیاز به بررسی بیشتر توالی مذکور و نیز پروتئین کدشده دارد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

The 3ʹ region length polymorphism of clfa gene in staphylococcus aureus clinical samples isolated from three hospitals in Qom city

نویسندگان [English]

  • reza yari 1
  • Mohammad Reza Mehrabi 2
  • Fatemeh Mohammad Salehi 3
1 islamic azad university, Boroujerd branch
2 Assistant Prof.
3 Department of Biology, Faculty of Sciences, Borujerd Branch, Islamic Azad University, Borujerd, Iran.
چکیده [English]

Introduction: Staphylococcus aureus produce enzymes and various toxins for survival, protein, carbohydrate, lipid and Nucleic acid degradation, drug resistance, attachment to host cells and pathogenicity. One of the most important of surface bacterial virulence factors is clumping factor or Clf A. It protein cause to connect bacteria- Fibrinogen host cell. The aim of this study was to investigate the existence and possible variations in the 3'-end of clf A gene.
Materials & Methods: 100 clinical strains isolated from Nekuei(Hedayati), Kamkar(Arabnia) and Shahid Beheshti hospitals were selected after confirmation by microbial, biochemical and molecular 16 srRNA tests. A pair of primers for amplification of variable region genes were used.
Results: All strains isolated from three hospitals in Qom city produced 1100 bp amplicons size. The amplicons are sent to the relevant company for sequencing and comparison with standard sequence.
Conclusion: According to other studies that were produced 900 to 1000 bp amplicons size by the same primers this is the first report of a gene polymorphism in 3'-end of clf A gene in the world. In this area reported 18 nucleotide minisatellite repeats which causes errors in the DNA replication by DNA polymerase as Replication Slippage. This event has been led to the creation and distribution of new version of the gene in the city of Qom. This study needs further investigation about sequence and encoded protein.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Staphylococcus aureus
  • clfA gene
  • polymorphism